“滇之佛教，传闻于汉晋，兴隆于唐宋，昌于元，盛于明，而衰落于清。”民国新纂《云南通志宗教考》的阐述，大致符合云南佛教历史的概况。关于汉传佛教何时进入云南，说者不一，有持“初唐说”、“中唐说”、“晚唐说”三种，其中以“中唐说”为有据。因为当时正值南诏鼎盛时期，入朝使张建成奉经像回滇，创建大理崇圣寺及三塔，筑金刚城（太和城）、拓建鄯阐城（今昆明），均在公元八世纪前后。

与此同时，据载有一位叫圣宣的高僧由山海关游方至昆明，见到城北螺峰山（也称盘坤山）景色宜人，便驻锡于此，募建“补特罗伽”寺。“补特罗伽”为梵语，意为“开满小白花的山”，切螺峰山花繁四时之境；“补特伽罗”也称“普陀罗伽”或“普陀罗”，是观世音菩萨修道的地方，原在印度南海岸。寺取此名，更因当时南诏均奉行印度来滇高僧赞摩伽陀所传“阿吒力”密教，而且“阿吒力”密教奉观音菩萨为“三本尊”之一。宋宝祐三年（公元1255年）寺毁于兵火，四十多年后的元初，曾任云南资善大夫、云南行中书省左丞的阿昔思，与其叔父临安路冶中阿的术，共同捐资重建，自大德五年（公元1301年）动工，直到延祐六年（公元1319年）历时十八年方告竣工。这次重建规模宏大，殿宇辉煌，并增置了田地、塔林、菜园、花圃，并改“补特罗伽”寺为“圆通寺”以便记识，“圆通”亦为观音修道法门。新寺时为中庆府首刹，得到朝廷的嘉奖，颁赐藏经，天子玺书。梁王也先礼请云游来滇的大休禅师担任住持，并封“无念禅师”尊号。至正十八年（公元1358年），滇宪监司德弥实卜花又请盘龙寺高僧莲峰崇照禅师为住持，并有铁符咒蛟的传说，今咒蛟台犹在。

圆通寺一时“道风日盛，四众望归”。明代洪武年间，日本僧人机先、天祥、斗南等因左丞相胡惟庸谋逆一案，被诛连谪戊往云南，一度驻锡圆通寺，并且募建了“古木回岩楼”、“翠微深处轩”、“雪窟”，同时还经常与文士雅集清吟。在沐晟的《沧海遗珠》诗集中收录了日本高僧诗三十余首。永乐元年（公元1403年）黔国公沐晟，资助住持僧祖净开辟“采芝径”直达山顶，并得到沐晟每年十石大米的捐助。成化十九年，重建山门天王轮藏诸殿，绘塑两壁罗汉、圆觉、帝释等像。到了清康熙六年（公元1667年），吴三桂捐助巨资重修大雄宝殿，新建“圆通胜境”石坊，将山门向外拓展，并请高僧乐亭禅师为住持。吴三桂死后，其孙吴世藩于大殿后壁增塑吴三桂、胡国柱、马保像。康熙二十年（公元1685年）总督蔡毓荣下令将吴三桂、胡国柱塑像拆除，马保像今存。

康熙三十年前后，吴地高僧兰谷傅畹禅师（钦赐御前讲主）入主圆通寺，每到开堂讲经，僧俗数千人，前来聆听。又名士孙髯翁，晚年曾居咒蛟台卖卜为生。同治十年（公元1871年）大水淹寺，殿堂、佛像均遭严重损坏，直到光绪十一年（公元1885年）才得以全部恢复，并将原塑的观音、文殊、普贤“南海三圣”改塑为如今的过、现、未来“三世佛”。清末，富民九峰山诗僧莲洲上人与乡贤陈荣昌等，在山顶接引殿组织“螺峰莲社”，专修弥陀净土。近代云南都督唐继尧，曾捐助住持平光上人重彩佛像，后由自性、体明、定安继任。

一九五六年，迎接出访缅甸回国的“佛牙舍利”在寺供养三天，数十万人前来朝拜。十年“文化大革命”期间，寺院改为他用。一九八四年落实宗教政策，圆通寺归还佛教组织管理，作为省佛协的驻地，圆通寺成为省佛教协会直接管理的寺院，为全省佛教组织和寺院服务。在省佛协的领导和关怀下，圆通寺逐步完善，增添了部分“文革”中被毁的佛像，新建了泰式铜佛殿、藏传佛教经堂，举办了“传授居士菩萨大戒”、“水陆大法会”。一九九八年在自筹为主、政府资助的情况下，重修大雄宝殿，二000年底竣工。同时，作为全省三大语系佛教的中枢，圆通寺联络着全国以及周边佛教国家，发挥着极其重要的作用。