约在梁天监四年即公元505年，也有说法是在天监七年即公元508年，农历的二月十五日于镇江金山寺中，我国佛教史上第一次水陆法会举行。

据记载，梁武帝曾夜梦神僧来访。这位神僧对梁武帝说：“六道众生，受苦无量，何不做水陆普及群灵？诸功德中最为第一。”

梁武帝即与宝志禅师一起以《无量威德自在光明如来陀罗尼》施食法为核心，花了将近三年时间制成水陆仪文。并在润州（今镇江）金山寺中，举行了我国佛教史上第一次水陆法会。但那时不叫水陆法会，叫“无遮大会”“平等法会”等。

隋朝的隋文帝和隋炀帝都崇信佛教，发令修建了许多寺院。在隋朝两帝之后，隋朝战乱，水陆法会逐步衰落，没有魏晋南北朝的兴盛，关于水陆法会的记载也比较少。唐朝时，佛教开始进入迅速发展阶段。

中唐、晚唐时，密宗兴盛。无遮大会（水陆法会）与密宗仪轨相结合，再度兴起。晚唐时，水陆画产生。

水陆法会自宋朝开始稳定并广泛发展，开始出现北水陆、南水陆、眉山水陆等法会。在宋以后，水陆法会很快普及全国，成为战争以后朝野常行的一种超度法会。

宋以后水陆法会全称为“法界圣凡水陆普度大斋胜会”或“天地冥阳无遮均利道场”。

宋代的水陆法会特色有四：一是时间长：少则七天，多则四十九天；二是规模大；三是法事全；四是艺术性强。主题也演变为三个方面：一是追念先祖；二是将功德回施施主；三是普度众生。

文献记载，水陆仪轨的编撰比较早的是北宋神宗熙宁年间（1068--1077），东川（今四川三台一带）人杨锷将唐代的《冥道无遮大斋》和梁武帝的《慈悲道场忏法》相结合，撰《水陆仪》三卷，盛行于川蜀地区。对水陆法会的流行、发展起了不少的推动作用。

元代和明代对水陆法会都极为重视。

元代延祐三年（1316年）和至治二年（1322年）都有开设大型水陆法会的记载。元代，英宗至治三年（1323年）“敕京师万安、庆寿、圣安、普庆四寺，扬子江金山寺，五台万圣佑国寺，作水陆佛事七昼夜”。皇家在镇江金山寺修设水陆法会，参加僧众高达1500人。因此径山元叟行端有“朝廷金山做水陆升座”的法语。

明代伊始，因开国皇帝朱元璋为沙门出身，他登基后，以朝廷之力极力宏扬佛法。对于水陆法会来说，不仅制作规模空前，而且相关的仪轨也予以定型下来。水陆法会在朝廷大力扶持下，规模更是盛大空前。

据记载，朱元璋于洪武元年至五年（1368-1372），在南京蒋山（现南京方山）先后多次修设水陆法会。楚石梵琦、季潭宗泐、来复见心、东溟慧日、梦堂昙噩等均曾应邀赴会说法。洪武五年正月所修法会规模最大，太祖曾命宗泐作八曲《赞佛乐章》，君臣共赴法会礼佛。

明代在江、浙之间有“北水陆”与“南水陆”之分。指的是四明所行的南宋志磐续成的《水陆新仪》为南水陆，而镇江金山寺的水陆旧仪，被称为北水陆。明末高僧袜宏弃“北”从“南”，将《水陆新仪》稍加修改后，写成《水陆修斋仪轨》六卷，风行于世。

清代道光年间，仪润依袾宏之意，修撰《法界圣凡水陆普度大斋胜会仪轨会本》六卷。咫观更继袾宏《水陆仪轨》增补论述，撰《法界圣凡水陆大斋普利道场性相通论》九卷（略称《鹳园水陆通论》），以及《法界圣凡水陆大斋法轮宝忏》十卷。

近几十年来，《水陆仪轨》虽无更新或补充，但在实际施行中（尤其是超度亡灵的类别）却推陈出新，形成了现在流行的“水陆空大法会”。用来超度水陆之外的孤魂野鬼，使之脱离轮回之苦。这样的功能使水陆法会获得民众认可和推崇。

水陆法会于魏晋南北朝时期在我国首开，其后经历隋唐五代的曲折发展，在宋朝时才形成规模并开始广泛传播，至元明达到鼎盛，清代至民国主要以修撰《水陆仪轨会本》为主。水陆法会以其超度的功能，在中国历史的不同阶段都得到了许多民众的支持，至今已经与中国文化融为一体。