明代对于喇嘛仍给以应有的宗教上优遇。洪武六年（1373）前元帝师喃迦巴藏卜入朝，即与以炽盛佛宝国师称号。洪武七年（1374）帕思巴后代公哥监藏巴藏卜入朝，又尊为帝师，加国师称号。设置西宁僧纲司，任喇嘛三刺为都纲；于甘肃河州，设置番汉二僧纲司，以藏僧任僧官。

成祖即位后，对喇嘛更加重视。永乐元年（1403）遣中官侯显入藏，迎哈立麻至京，亲往慰问，请于南京灵谷寺启建法会，给与大宝法王称号。

当时宗喀巴（1357—1419）在藏传弘佛法，名称普闻，成祖又派大臣四人往请，宗喀巴派遣上首弟子释迦智（1354—1435）前来京师，成祖即给他以大慈法王称号。后释迦智回西藏创建色拉寺（拉萨三大寺之一），又再度至京，任永乐、宣德两代国师（张建木《宗喀巴大师传》）。