据出土文物证实，远在四千年前，我们的先民就在此山上留下足迹。春秋战国时，越王勾践曾将普陀山及附近诸岛称为“甬东”，秦朝安期生、晋朝葛洪等人都先后来山采药和修炼。相传汉代大儒梅福曾来山隐居，故普陀山初名梅岭山。唐朝佛教盛行，公元九世纪中叶，有天竺(今印度)僧人来山，并得梵名“补怛洛迦”(意即美丽的小白花)。唐大中十二年(858年)，日本僧人惠锷从五台得观音像归国，途经普陀洋面，遇风受阻，来到普陀。

宋神宗元丰三年(1080年)，开始在普陀山正式建寺，赐名“宝陀观音寺”。宋高宗绍兴元年(1131年)，朝廷将岛上所有渔民迁出，辟为“佛地净土”。宋宁宗嘉定七年(1214年)指定普陀山重点供奉观音，山中各寺院内均塑观音像，于是观世音与普陀山结下不解之缘。因《华严经》载：“于此南方有山名补怛洛迦，彼有菩萨，名观自在”，遂被附会为观音菩萨的道场，成为佛教四大名山之一。

元、明、清各朝都曾对普陀山赐金拨银，进行修缮和扩建。清康熙年间，荷兰殖民者点据普陀山，将寺院焚毁殆尽。后来，康熙皇帝两次拨款修复，到清中叶已拥有三大寺、八十八庵院（中型佛寺）、一百二十八茅棚（小型寺院），大部分建置在岛的东南部。当时山上香火鼎盛，僧众多达三千余人。普陀山成了闻名海内外的佛教胜地，国内各地以及日本、东南亚的佛教徒前来此“海天佛国”朝拜的，络绎不绝。直到1945年抗战以后，普陀山尚有大小寺院庵堂八十余所。这个所谓佛国圣地，名扬海外，尤其在东南亚佛教界和华侨中影响很大。

解放后，国家对主要寺院和风景点进行了多次整修，国内外游客更是纷至沓来，四季不绝。普陀山现正在修复中，目前对外开放的有三大寺、四大庵等二十多个风景点。