清朝统治者最初接触到的佛教，是中国西藏地区所传的喇嘛教。当十七世纪初起，已有喇嘛到关外传教，曾受到清太祖的礼遇。太宗时（1627—1643），盛京（今沈阳）方面已开始和当时西藏的达赖喇嘛第五世（1617—1682）建立关系。世祖顺治九年（1652）达赖第五世应请入京，受清朝册封。

世祖又好参禅，先召京师海会寺憨璞性聪（1610—1666）说法。又召浙江玉林通琇（1614—1675）、木陈道忞（1596—1674）等入京说法。通琇弟子茚溪行森和道忞的弟子旅庵本月、山晓本晰相随入京，也各助传教。通琇后又入京，世祖命选僧一千五百人从他受戒，尊为玉林国师，以表示他对汉地佛教的推崇（《普济玉林国师语录年谱》卷下）。