元代没有大规模举行官刻藏经的事，这是因为大都（今北京）弘法寺原来已有金代刻成的大藏经版，世祖至元中曾重加校订，成为元代的弘法寺大藏（当时有《弘法入藏录》，今已佚）。至元二十二至二十四年间，更召集汉藏大德僧人学士等对勘汉藏两种大藏经的异同，编成《至元法宝勘同总录》十卷。

此外，民间私刻的藏经也还有几种版本。先是杭州余杭县南山大普宁寺白云宗僧徒于至元中募刻了大藏经版一副，约六千卷，此即通称的普宁寺本。