慈恩一宗，自明末昭觉广承于杭州莲居庵讲《唯识》，其弟子灵源大惠、古德大贤、新伊大真等继之，入清传承不绝，时称莲居派。

大惠曾讲《唯识》于京师及苏杭等地，著有《唯识自考录》。大贤弘法云栖，智旭曾从他听《唯识》。大贤的法嗣玉庵、法孙忍庵，也都传承此学。大真继主莲居，精研戒律，曾讲《唯识》，亦为智旭所师事，著有《成唯识论合响》。其弟子本全、圣先，相次继席，讲学不替。同时内衡亦讲《唯识》于杭州，为钱谦益所称道，是清初有数的慈恩学者。其后钻研《楞严》者多，《唯识》之学遂渐趋沉寂。